Für Ostfriesland ist vor allem der zwischen Herbrum (südlich Papenburg) und der Nordsee gelegene und von der Tide beeinflusste Bereich der Unteren Ems (Tideems) von Bedeutung. Der heutige Zustand der Ems in diesem Bereich ist vor allem auf menschliche Einflüsse zurückzuführen. Das Fahrwasser wurde erheblich begradigt und vertieft, so dass eine starke Strömung, Versalzung und eine aus der hohen Schwebstoffkonzentration resultierende Sauerstoffarmut die Qualität der Unterems als Lebensraum für viele Arten deutlich reduziert haben. Mit dem Masterplan Ems 2050 wird versucht, ökologische Erfordernisse in dem von Ebbe und Flut beeinflussten Lebensraum (Ästuar) mit wirtschaftlichen Ansprüchen zu vereinbaren.